Jos koira esimerkiksi katoaa tai varastetaan, tunnistusmerkintä helpottaa löydetyn koiran tunnistamista ja edesauttaa omistajan löytämistä. Onkin ensisijaisen tärkeää, että koiran omistaja ilmoittaa itsensä koiran omistajaksi Kennelliiton rekisteriin.

Lisäksi koirien tunnistusmerkitseminen varmistaa terveystutkimuslausuntojen antamisen ja tallentamisen oikealle koiralle. Tunnistusmerkinnän avulla voidaan myös todeta, että näyttelyissä tai kilpailuissa esitettävä koira on sama kuin rekisteritodistuksessa kerrotaan.

Kasvattaja huolehtii pentujen tunnistusmerkinnästä jo ennen pentueen luovutusta ja rekisteröintiä. Myös pentueen vanhempien tulee olla tunnistusmerkittyjä.

Ylittäessään eri maiden rajoja on koirien oltava tunnistusmerkittyjä mikrosirulla. Koiran tulee olla tunnistusmerkitty alkuperämaassaan ja kun tuontikoira rekisteröidään Suomen Kennelliittoon, tallennetaan myös sen tunnistusmerkintätiedot. Kennelliitolla on virallisten rekisterien lisäksi myös tunnistusmerkintä- ja omistajarekisteri monirotuisille ja rekisteröimättömille koirille.

Koirien tunnistusmerkintöjä voivat suorittaa eläinlääkärit ja Kennelliiton pätevöimät tunnistusmerkitsijät.