Mallirungossa määritellään harvalukuisten rotujen JTO:ssa käsiteltävät asiat sekä JTO:n rakenne. Ohje on tarkoitettu roduille, joissa on viimeisen viiden vuoden aikana rekisteröity alle 250 koiraa. Ks. myös JTO:n tekemistä helpottamaan laadittu täytettävä pohja (Jalostuksen tavoiteohjelman (JTO) täytettävä pohja harvalukuisille roduille) sekä Ohje jalostuksen tavoiteohjelman laatimisesta (ohjelman hyväksymisjärjestys, vastuut ja velvollisuudet jne). Päivitetty 6.2.2014.